Saison 1 (2005 / 2006)
Le docteur Temperance Brennan, brillante anthropologue, possède le don de déchiffrer les indices laissés sur les os des victimes. Sa mission : aider le FBI sur des affaires criminelles trop complexes pour leurs méthodes. Pour cela, elle fait équipe avec l'agent spécial Seeley Booth, ancien sniper de l'armée qui, lui, se méfie de la science et des scientifiques et préfère suivre son intuition.
Saison 2 (2006 / 2007)
Après avoir découvert l'histoire de ses parents, le docteur Brennan renoue avec son frère et s'adapte au retour de son père, Max Keenan. Mais alors quelle fait face à son passé, Brennan doit en plus affronter les conséquences de la publication de son dernier livre. Pendant ce temps, Zack Addy, qui obtient son doctorat, considère une proposition pour partir faire la guerre, et Booth renoue avec le docteur Camille Saroyan. Booth, Brennan et son équipe devront mettre de côté leurs conflits personnels pour dénicher les indices laissés par les cadavres pour retrouver leurs assassins.
Saison 3 (2007 / 2008)
Brennan et Booth se retrouvent sur les traces dune communauté soupçonnée d'avoir des tendances cannibales. Dans le même temps, Bones doit s'occuper du procès de son père pour le meurtre du directeur adjoint du FBI.
Saison 4 (2008 / 2009)
Alors qu'ils sont à Londres pour donner une conférence, Brennan et Booth voient leur voyage se prolonger lorsque leur expertise est sollicitée sur l'affaire du meurtre de la fille dun riche américain. Le retour du Fossoyeur pourrait, quant à lui, mettre la vie de Booth en danger.
Saison 5 (2009 / 2010)
Après s'être réveillé dun coma, Booth retrouve la mémoire et reprend du service au FBI. Mais son amnésie, encore partielle, lui fait voir sa relation avec Brennan sous un nouveau jour. Alors qu'ils continuent de traquer des criminels toujours plus dangereux, les rapports entre Booth et Brennan deviennent plus complexes.
Saison 6 (2010 / 2011)
Sept mois après sa séparation, l'équipe de l'Institut Jefferson est convoquée à Washington pour résoudre une affaire sensible qui pourrait coûter à Camille son travail. Pendant ce temps, Hodgins et Angela reviennent de France avec une bonne nouvelle et le docteur Brennan, qui a toujours des sentiments à l'égard de Booth, découvre que ce dernier a rencontré quelqu'un en Afghanistan.
Saison 7 (2011 / 2012)
Brennan et Booth voient leur relation se compliquer davantage avec l'arrivée d'un bébé. Ensemble, ils doivent également faire face à un hacker psychopathe qui va tout faire pour leur mettre des bâtons dans les roues et les humilier. Bones va alors devoir redoubler d'attention pour ne pas tomber dans le piège d'un ennemi redoutable.
Saison 8 (2012 / 2013)
Piégée par Pelant, un hacker psychopathe, le docteur Temperance Brennan est accusée de meurtre. Traquée par le FBI, elle est contrainte de fuir avec sa fille Christine, laissant Booth seul et désemparé. Après être parvenue à prouver son innocence, elle retrouve l'Institut Jefferson pour résoudre de nouvelles enquêtes aussi morbides que haletantes. Mais Pelant ne tarde pas à refaire surface, bien décidé à se venger.
Saison 9 (2013 / 2014)
Trois mois se sont écoulés et le psychopathe Christopher Pelant, que Booth a juré de tuer, continue de persécuter les membres de l'Institut Jefferson. Alors que Booth et Brennan ont fort à faire pour neutraliser le criminel, les préparatifs de leur tant attendu mariage apporteront avec eux leur lot de joie, d'humour et d'imprévus.
Saison 10 (2014 / 2015)
L'équipe de Brennan est bien décidée à continuer son enquête sur la conspiration qui se trame au sein du FBI. De son côté, Booth, tout juste sorti de prison, replonge dans son addiction aux jeux. Alors que Brennan est à nouveau enceinte, le couple devra tenir le choc pour ne pas mettre en péril son mariage.
Saison 11 (2015 / 2016)
Booth et Brennan ont quitté l'Institut Jefferson pour vivre d'autres aventures loin des scènes de crime et des ossements de victimes. Mais ce départ n'est que de courte durée, et ils sont contraints de revenir six mois plus tard pour travailler sur un nouveau meurtre. Mais pendant ce court laps de temps, beaucoup de choses ont changé et le couple va devoir s'adapter au nouveau modèle instauré.
Saison 12 (2016 / 2017)
Avant de tirer sa révérence, Brennan va une nouvelle fois devoir tout mettre en oeuvre pour résoudre des affaires aussi étranges qu'inattendues. Dun homicide dans une maison de retraite au cadavre découvert lors dun concours de bûcherons, tous les moyens sont bons pour faire parler les os ! De son côté, Booth va se retrouver sur le chemin dun tueur en série tandis qu'un ancien de l'Institut Jefferson, accusé de meurtre, va kidnapper Brennan, obligeant Booth à prendre des mesures drastiques.
